アレルギーとは免疫系が正常でない状態になることです。体に病原体や異物が侵入したり、体内に異常な細胞があったときそれを破壊したり防御する反応を免疫系が果たしています。。この免疫機能に異常が生じた場合、必要以上に攻撃してしまったり、正常な細胞も破壊するということになります。その結果皮膚などに症状が現れる病気をアレルギーと言います。また、アレルギーを引き起こす原因の物質を抗原と呼びます。 近年、花粉症や気管支ぜんそく、アトピー性皮膚炎といったアレルギー疾患が人でも急激に増えていますが、その原因として、科学物質による大気汚染や食事の変化等が指摘されています。動物でも人と同じようにアレルギー疾患は非常に増えています。

アレルギーの原因は、その原因となる物質（抗原）が体内に侵入すると２回めの侵入をさせないために免疫細胞の命令で抗体ができます。（上記参照）
抗体は侵入した物質（抗原）を認識し、再度侵入したときは攻撃し排除します。
特にｌｇＥ（免疫グロブリンＥ）という抗体はヒスタミンなどの化学物質を持つ肥満細胞と結合します。物質（抗原）が侵入し肥満細胞と結合しているＩｇＥ抗体に結合することで肥満細胞はヒスタミンやプロスタグランジンなどの刺激的化学物質を放出します。そのため強いアレルギー反応を起こすことになります。
アレルギーが皮膚などに現れることが多いのは、肥満細胞が集中しているからです。